一概にどちらが上位であるとは言えないようです。
複数の記事を見てそれぞれの違いを理解し、顧客も自分自身も納得できるレベルまで調査し、本記事への追記を続けたいと思います。

shipifyが有利

• 構築の速さ
• サーバ用意不要
• SNS等の他サービスと連携可能

WooCommerceが有利

• 商品設定（バリエーションやオプションの数量）
• 既存WordPressサイトの保有者はハードル低くなる
• 世界シェアNo.1（記事によってはshopifyがNo.1の場合もあり）

参考にしたサイト

https://w3techs.com/technologies/overview/content_management
https://kinsta.com/jp/blog/woocommerce-vs-shopify/